Το Ρέθυμνο είναι μία από τις πιο πλούσιες σε μοναστικά κέντρα περιοχές της Κρήτης. Διάσπαρτα στα βουνά, τις κοιλάδες και τα παράλια της επαρχίας, τα μοναστήρια του Ρεθύμνου δεν αποτελούν απλώς μνημεία θρησκευτικής αρχιτεκτονικής· αντιπροσωπεύουν αιώνες αδιάκοπης πνευματικής ζωής, αντίστασης στις κατακτήσεις και διαφύλαξης της ελληνορθόδοξης ταυτότητας. Κάθε μονή φέρει τα σημάδια της εποχής της, κάθε τοίχος της έχει να αφηγηθεί ιστορίες ηρωισμού, μαρτυρίου και ακοίμητης πίστης.
Ιερά Πατριαρχική καί Σταυροπηγιακή Μονή Αγίων Κωνσταντίνου και Ἑλένης Αρκαδίου
Η Μονή Αρκαδίου βρίσκεται 23 χλμ. από το Ρέθυμνο, σε υψόμετρο 500 μέτρων. Ιδρύθηκε είτε στη δεύτερη Βυζαντινή περίοδο είτε στα πρώτα χρόνια της Βενετοκρατίας. Στα τέλη του 16ου αιώνα ανακαινίστηκε ριζικά και χτίστηκε ο σημερινός μπαρόκ ναός, αφιερωμένος στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος και στους Αγίους Κωνσταντίνο και Ελένη. Τότε η Μονή άκμασε πνευματικά (εργαστήριο αντιγραφής χειρογράφων, σχολείο, βιβλιοθήκη). Στην Τουρκοκρατία λεηλατήθηκε, αλλά γρήγορα ανέκαμψε και έγινε η σημαντικότερη Μονή της Κρήτης.
Το σημαντικότερο γεγονός στην ιστορία της είναι το Ολοκαύτωμα του Αρκαδίου (8-9 Νοεμβρίου 1866), κατά τη διάρκεια της Κρητικής Επανάστασης (1866-1869). Από τότε, η Μονή συνεχίζει την προσφορά της. Έχει ανακηρυχθεί ευρωπαϊκό μνημείο Ελευθερίας και Πολιτισμού. Στο Εκκλησιαστικό Μουσείο της (εγκαινιάστηκε το 2012 από τον Οικουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο) φυλάσσονται κειμήλια, λάβαρα, εικόνες, χρυσοκέντητα άμφια, χειρόγραφοι κώδικες και όπλα
Ἱερά Πατριαρχική καί Σταυροπηγιακή Μονή Ἁγίου Γεωργίου Ἀρσανίου
Η Μονή Αρσανίου βρίσκεται 12 χλμ. ανατολικά του Ρεθύμνου. Ιδρύθηκε γύρω στο 1550-1600.
Το πρώτο καθολικό εγκαινιάστηκε το 1600 και το 1654 η Μονή έγινε σταυροπηγιακή. Το 1646 υπέστη ζημιές από τουρκική επιδρομή, αλλά γρήγορα αποκαταστάθηκε. Στις αρχές του 19ου αιώνα αντιμετώπισε οικονομικά προβλήματα, παρόλα αυτά λειτουργούσε δημοτικό σχολείο. Κατά την επανάσταση του 1897-1898, ο ηγούμενος Γαβριήλ Κλάδος σκοτώθηκε ηρωικά (το «ολοκαύτωμα» του Αρσανίου).
Ο σημερινός ναός χτίστηκε το 1888. Οι εικόνες στο τέμπλο προέρχονται από τον μοναχό Αρτέμιο και την Αγιορείτικη συνοδεία του (1922) και οι τοιχογραφίες είναι του Γεωργίου Χρηστίδη (1987-1990). Η Μονή είχε διαλυθεί το 1900, αλλά το 1903 επανασυστάθηκε. Προσέφερε οικονομικά για την ανέγερση γυμνασίων στο Ρέθυμνο, ενίσχυσε την Εθνική Αντίσταση και εκτέλεσαν τον μοναχό Δαμιανό Καλλέργη οι Γερμανοί το 1941. Λειτουργεί Εκκλησιαστικό Μουσείο (από το 1971) και Συνεδριακό Κέντρο.
Η Ιερά Πατριαρχική και Σταυροπηγιακή Μονή Προφήτου Ηλιού Ρούστικων
Η Μονή βρίσκεται 20 χλμ. από το Ρέθυμνο, κοντά στο χωριό Ρούστικα.
Είναι αφιερωμένη στον Προφήτη Ηλία (ο ναός είναι τρίκλιτος, αφιερωμένος και στην Αγία Τριάδα και την Αγία Ζώνη). Υπάρχει ήδη από τα μέσα του 16ου ή αρχές 17ου αιώνα (τα πρώτα έγγραφα χρονολογούνται από το 1587). Συνδέεται με την οικογένεια των Βλαστών.
Ξεχωριστά μνημεία της Μονής:
Βενετσιάνικο καμπαναριό (ένα από τα δύο που σώζονται στην Κρήνη, μαζί με εκείνο του Αρκαδίου)
Παλιές καμπάνες (1565, 1634, 1636)
Ξυλόγλυπτα τέμπλο, άμβωνας και θρόνος (1844-1849) του Αετού Κατζουράκη
Τοιχογραφίες (1905) και φορητές εικόνες (18ος-19ος αι.)
Ιερά λείψανα αγίων, παλαίτυπα βιβλία, χειρόγραφο Ημερολόγιο (από το 1620)
Η Μονή έγινε σταυροπηγιακή το 1713, 1778 και 1797 (με σιγγίλιο του Πατριάρχη Γρηγορίου Ε΄). Είχε μετόχια και βοσκοτόπια. Καταστράφηκε από τους Τούρκους το 1823. Ο σημερινός ναός χτίστηκε το 1831 και εγκαινιάστηκε το 1832.
Η συμμετοχή σε εθνικούς αγώνες ήταν μεγάλη: τροφοδοσία επαναστατών (1821), περίθαλψη τραυματιών (1866), λειτούργησε ως νοσοκομείο, συνέλευση Επαναστατικής Επιτροπής, στήριξη Επανάστασης 1896. Στην Κατοχή φύλαξε το Ιστορικό Αρχείο Κρήτης. Συνέβαλε σημαντικά στην παιδεία (σχολεία, χρηματοδοτήσεις, παρθεναγωγείο).