Το καθολικό της Ιεράς Μονής είναι δίκλιτη βασιλική, αρχιτεκτονικού τύπου που παραπέμπει στην παλαιοχριστιανική παράδοση. Το δεξί κλίτος του ναού είναι αφιερωμένο, από τον ιδρυτή και κτίτορα Νέστορα Βασσάλο, στη θεία Μεταμόρφωση του Κυρίου — ένα από τα μεγαλύτερα γεγονότα της ευαγγελικής ιστορίας, κατά το οποίο η θεότητα του Χριστού αποκαλύφθηκε εν δόξη πάνω στο όρος Θαβώρ.

Η ίδρυση της Μονής δεν ήταν αποτέλεσμα μόνο ανθρώπινης βούλησης, αλλά και θείας παρέμβασης. Σύμφωνα με τη ρητή κατάθεση του ίδιου του Γέροντα Νέστορα, ο Κύριος Ιησούς Χριστός εμφανίστηκε σε αυτόν δια οράματος και του έδωσε την εντολή να κατέλθει στην Κρήτη, για να ανακαλύψει τον ιερό ναό του Σωτήρος Χριστού, στην τοποθεσία Κούμπε. Το όραμα αυτό υπήρξε η αφετηρία μιας πορείας πίστης, που γέννησε την Ιερά Μονή ως ζωντανή ανταπόκριση στην κλήση του Θεού.

Τα εγκαίνια του καθολικού τελέστηκαν στις 25 Ιουνίου 1972, χοροστατούντος του αειμνήστου Μητροπολίτη Τίτου Συλλιγαρδάκη, του οποίου η αρχιερατική παρουσία σφράγισε την έναρξη της λειτουργικής ζωής του ναού. Αξιοσημείωτο αρχιτεκτονικό στοιχείο του συγκροτήματος αποτελεί το καμπαναριό, το οποίο είναι πιστό αντίγραφο εκείνου της ιστορικής Ιεράς Μονής Αρκαδίου — ένας ορατός δεσμός με την κρητική μοναστική παράδοση και την πνευματική κληρονομιά του τόπου.

Στο πλάι των δύο εισόδων του ναού δεσπόζουν δύο εντοιχισμένες εnεπίγραφες πλάκες, σιωπηλοί μάρτυρες της ιστορίας και της πίστης των κτιτόρων. Η μία, τοποθετημένη δεξιά της εισόδου του κλίτους της θείας Μεταμόρφωσης, ανασύρθηκε από τον Κτίτορα της Ιεράς Μονής από τα ερείπια του παλαιότερου ναού που προϋπήρχε στον τόπο. Η πλάκα αυτή, που διασώθηκε χάρη στην ευλαβή φροντίδα του κτίτορα, φέρει επιγραφή που αναφέρεται στο ιερό γεγονός της Μεταμόρφωσης του Κυρίου, και αποτελεί πολύτιμο κατάλοιπο της λατρευτικής ζωής των προγενέστερων:

ΤΩ ΟΝΟΜ[ΑΤ]Ι ΚΥΡΙΟΥ ΘΑΒΩΡ Κ[ΑΙ] ΕΡΜΩΝ Κ[ΑΙ] ΤΩ ΣΚΗΝΟΜΑΤΙ ΤΟΥΤΩ ΑΓΑΛΛΙΑΣΟΝΤΑΙ ΣΥΝ ΤΟΙΣ ΚΤΗΤΟΡΣ ΟΙ ΕΝ ΧΡ/ΤΩ ΑΔΕΛΦΟΙ

Η επιγραφή παραπέμπει στο ψαλμικό πνεύμα της αγαλλίασης ενώπιον του Θεού, συνδέοντας τα ιερά όρη Θαβώρ και Ερμών — τόπους θεοφάνειας κατά τη βιβλική παράδοση — με τον ναό αυτόν ως τόπο κοινής προσευχής και δοξολογίας των εν Χριστώ αδελφών και των κτιτόρων του.

Αισθητή παρουσία μέσα στο ιερό χώρο αποτελούν και οι εικόνες του τέμπλου, οι οποίες αγιογραφήθηκαν το έτος 1993 από τις ίδιες τις αδελφές της Ιεράς Μονής — έργο ευλάβειας και ασκητικής υπομονής, που μαρτυρεί τη ζωντανή καλλιτεχνική παράδοση της μοναστικής κοινότητας.

Ιδιαίτερη θέση στον ναό κατέχουν δύο μεγάλες, μνημειακές εικόνες, αναρτημένες ακριβώς δίπλα στις διακονικές θύρες: ο Χριστός Ένθρονος και η Παναγία Βρεφοκρατούσα. Αγιογραφημένες και οι δύο από τον χρωστήρα του Γέροντα Νέστορα Βασσάλου, φέρουν αναγεννησιακή τεχνοτροπία — σπάνια επιλογή στην ορθόδοξη αγιογραφία — που αντικατοπτρίζει την καλλιτεχνική ιδιοσυγκρασία και τη θεολογική ευαισθησία του δημιουργού τους. Ο αρχικός προορισμός των εικόνων αυτών ήταν λειτουργικός και θεμελιώδης: να υπηρετήσουν ως τέμπλο του πρώτου καθολικού, το οποίο είχε κτίσει ο Γέροντας το έτος 1935. Φέρουν επάνω τους μια διαδρομή δεκαετιών — και μαζί της, την προσευχή όλων εκείνων που στάθηκαν ενώπιόν τους κατά τα πρώτα χρόνια της Μονής.

.