Η Ιερά Μονή βρίσκεται παραθαλάσσια, στήν ΒορειοΔυτικὴ πλευρὰ τῆς πόλεως τοῦ Ρεθύμνου, στή περιοχή Κουμπές. Τό Καθολικό τῆς Ἱερᾶς Μονῆς εἶναι δίκλητο καί τό πρῶτο – χρονολογικά – κλίτος εἶναι ἀφιερωμένο στή θεία Μεταμόρφωση τοῦ Σωτῆρος Χριστοῦ ἐνῶ τό δεύτερο στόν Ἅγιο Ἰωάννη τόν Πρόδρομο.

Σύμφωνα μέ γραπτές πηγές , στόν χῶρο ποῦ βρίσκεται ἡ σημερινή Μονή τοῦ Σωτῆρος Χριστοῦ , ὑπῆρχε ἐπί ἑνετοκρατίας Ὀρθόδοξη ἀνδρώα Μονή.
Σαφέστατη ἀπεικόνιση τῆς Ἱερᾶς Μονῆς τοῦ Σωτῆρος Χριστοῦ, Κουμπέ, ἔχουμε στήν θαυμάσια ἐλαιογραφία ἀνωνύμου Ρεθεμνιώτη ζωγράφου, τοῦ ἔτους 1620.

Ὁ ἐν λόγῳ πίνακας βρίσκεται στό Δημαρχείο της πόλεως καί εἰκονίζει τήν πόλη τοῦ Ρεθύμνου κατά τήν τελευταία περίοδο τῆς Κρητικῆς Ἀναγέννησης. Ἡ ἀπεικόνιση, τῆς Ἱερᾶς Μονῆς στό λόφο τοῦ Κουμπέ, τεκμηριώνει τήν ἀρχιτεκτονική καί οἰκοδομική ὑπόσταση τῆς. Ἀπό τίς πληροφορίες αὐτές διαφαίνεται ὅτι στίς ἀρχές τοῦ ΙΖ’ αἰῶνα ἡ Μονή εἶχε ἱδρυθεῖ καί λειτουργοῦσε ὡς ἀνδρώα.